Основна відмінність гідрогелевих лінз від силікон-гідрогелевих - в способі пропускання кисню до рогівки. Здатність контактної лінзи пропускати кисень характеризується коефіцієнтом Dk / t (Dk - кислородопроницаемость матеріалу, t - товщина лінзи в центрі). При носінні гідрогелевих лінз рогівка отримує кисень через що міститься в лінзі воду. Таким чином, чим більше в матеріалі лінз води і чим менше їх товщина, тим краще лінзи пропускають кисень. Dk / t води = 80, тобто це число є межею кіслородопропусканія гідрогелевих лінз, однак і воно є недосяжним, оскільки чим більше в лінзі води, тим гірше вона сохранаяет форму, тим складніше з нею проводити маніпуляції, і тим більше вона схильна до зневоднення до кінця дня. Dk / t гідрогелевих лінз коливається приблизно в межах від 15 до 40 одиниць, що є безпечним тільки для денного носіння (в гідрогелевих лінзах не можна спати).

Рішенням обмеженою кислородопроницаемости м'яких контактних лінз стало винахід силікон-гідрогелевих матеріалів. Завдяки наявності в матеріалі силікону, кисень проникає до рогівки безпосередньо через матеріал. Dk / t силікон-гідрогелевих контактних лінз може досягати 175 одиниць (у лінз Air Optix Night & Day). Завдяки високому кіслородопропусканію силікон-гідрогелеві лінзи можна безпечно носити в подовженому режимі, а так само не знімаючи кілька днів. Силікон-гідрогелеві лінзи стали справжньою знахідкою для пацієнтів, які потребують хорошого зору більше 12 годин на добу.

Силікон-гідрогелеві лінзи не такі м'які як високогідрофільние гідрогелевие, але при цьому вони краще тримають форму і є більш міцними. Деякі пацієнти після багаторічного носіння дуже м'яких гідрогелевих лінз з високим вмістом вологи можуть відчувати дискомфорт при переході на силікон-гідрогелеві лінзи, первинні ж пацієнти дискомфорту, як правило, не іспитивают.Чем більше в силікон-гідрогелевих лінзах води, тим вони більш м'які, а чим більше силікону, тим вище кіслородопропусканіе.

Проблема «гидрофобности» силікону вирішується шляхом плазмової обробки матеріалу, або з допомогою впровадження зволожуючих речовин в матеріал лінзи, чим забезпечується хороша змочуваність лінзи, як у звичайних гідрогелевих лінз.

На відміну від гідрогелевих контактних лінз, силікон-гідрогелеві лінзи менш схильні до накопичення протеїнових відкладень, що збільшує комфортність носіння і забезпечує постійне гарна якість зору. З ліпідними відкладеннями допоможе впорається мануальна очищення лінз перед приміщенням їх в розчин. Для запобігання потрапляння ліпідів на лінзи із зовнішнього середовища важливо ретельно дотримуватися гігієни рук, акуратно користуватися косметичними засобами на жировій основі.